生物活性法和免疫学方法都是运用生物学方法检测水蛭素含量，近年来也有研究运用化学分析方法来检测水蛭素。毛细管电泳法和高效液相色谱法就被用于水蛭素的检测，但这两种方法都要使用到贵重仪器，一般多用于水蛙素的定性检测，很少用于活性检测。
1．毛细管电泳法（CE)
CE又称高效毛细管电泳（HPCE)，是一类以毛细管为分离通道、以高压直流电场为驱动力的新型液相分离技术。毛细管电泳实际上包含电泳、色谱及其交叉内容，它使分析化学得以从微升水平进入纳升水平，并使单细胞分析乃至单分子分析成为可能。
2．高效液相色谱法（HPLC)
HPLC又称“高压液相色谱”“高速液相色谱”’高分离度液相色谱““近代柱色谱“等。HPLC谱是色谱法的一个重要分支，以液体为流动相，采用高压输液系统，将具有不同极性的单一溶剂或不同比例的混合溶剂、缓冲液等流动相泵入装有固定相的色谱柱，在柱内各成分被分离后，进入检测器进行检测，从而实现对试样的分析。
